Guasón ataca a ciudad gótica pero es atrapado por Batman, quien lo escolta a Arkham Asylum. Debido a un incendio reciente, muchos miembros de la prisión de Blackgate han sido ubicados temporalmente en Arkham. Cuando Batman acompaña a los guardias a llevar a Guasón adentro, la seguridad es comprometida por Harley Quinn, lo que le permite a Guasón escapar y tomar el control de las instalaciones. Batman rápidamente se da cuenta que estos eventos han sido parte del plan de Guasón y que el mismo ha sobornado a un guardia de seguridad para secuestrar al comisionado Gordon. Guasón amenaza con detonar bombas esparcidas por ciudad Gótica si alguien intenta entrar en Arkham, forzándo a Batman a trabajar solo.



En esta parte debemos rescatar a un polícia que se encuentra secuestrado por Zsasz.



Guasón nos tiende una trampa y secuestra al comisionado Gordon por medio del oficial Bole.



Obtenemos una actualización de los gadgets y seguimos el rastro del comisionado.