Во первых отключаем сохранение в облаке. И включаем скрытые папки. Идем в локальные сохранения они находяться там где и все подобные сейвы в папке appdata/locallow.
Сохраняем всю папку Metal Slug. И на этом все. Кидаем где нибуть как бекап при необходимости заменяем и переигрываем. Прогрес сохраняеться через раз. Пока не пофиксят это единственный способ не ганять забег в пустую.
К слову за сейв забега отвечает один единственный файл. savebackup. Можно сохранять только его но лучше всю папку она небольшая. А так как сохранения идут каждый ход можно засейвится даже на боссе перед тем как его прибить. За ход например. В игре нет элемента рандома и читерства тут нет. Чисто вынужденый ход сохранить свои даные прогреса в профиль. Как то так. Удачи.