В этом руководстве описывается максимально быстрый способ исправления бага с модами skyrim, если вы нашли способ удобнее и быстрее прошу написать комментарий.
P.S.
Руководство может оказаться неактуальным, поэтому могут быть какие-то неточности или оно вовсе станет бесполезным

Для решения проблемы я использовал Total commander, ибо с его помощью сделать это проще всего (потом поймете почему).

1) Заходим в Total commander (если его нет, то качаем).

2) Пройдите по пути диск/steam/steamapps/workshop/content/72850
Видим,что папок ровно столько, сколько у вас установлено модов. Чтобы не копировать содержимое каждой папки по отдельности, жмем на иконку в Total commander "Показать все файлы без подкаталогов" - Он находится сверху.

3) Вуаля,мы видим только сами файлы без вредных папок.
Кидаем все файлы в Диск:/steam/steamapps/common/skyrim/data
Если что-то требует заменить,то смело заменяйте.

4) Если проблема заключалась в этом, то все должно прекрасно работать. Проверяем лаунчер - все на месте!

В этом случае все предельно просто:

Меняем формат с .bin на необходимый.
Не бойтесь экспериментировать!
- Способ я вычленил нашел в комментариях. Решил добавить, т.к. у многих людей такая проблема,а адекватного решения в интернете нет.

Есть сервис, помогающий устанавливать моды из Workshop, может помочь в некоторых случаях. Просто вставьте ссылку на мод в воркшопе.

Если вам нужны сами файлы,то достать их поможет GCFScape.
Cкачивайте и устанавливайте. После поменяйте нужный вам файл на формат .vpk, доставайте,что вам необходимо!